Alfonso Alfonsi e Adolfo Callegari

1909: Prosdocimi lasciò il museo e dopo la sua morte nel 1911 la reggenza della direzione fu affidata ad Alfonso Alfonsi che, privo di un titolo specifico, viene nominato direttore solo nel 1921.

Durante la sua direzione il museo vive i problemi della guerra, molto vicina ad Este. Nella impossibilità di rimuovere i troppo fragili materiali protostorici si trasportarono al Museo Archeologico di Firenze solo "gli oggetti di peculiarissima importanza" mentre altri furono trasferiti in ripostigli attrezzati. Dopo Caporetto altre casse di materiali furono portate a Roma e depositate a Palazzo Venezia, rientrando ad Este solo nel 1919.

L'ordinamento del museo rimase pressochè quello del 1902, ma per sistemare la grande quantità di materiali acquisiti con i nuovi scavi, sollecitato da Alfonsi il governo concluse nel 1911 col Comune un contratto di affitto per l'uso di tre ambienti delle soffitte dell'ala del palazzo che ospitava le scuole elementari.

Nel frattempo Alfonsi segue un gran numero di scavi in tutto il territorio della soprintendenza, da Padova ad Adria a Vicenza. Ad Este va ricordato soprattutto quello della necropoli romana nel fondo Rebato, con ben 52 tombe e 10 cippi funerari in pietra, e lo scavo del 1914 al Casale dove vengono recuperati vari frammenti del fregio dorico con protomi a testa di toro e teste dei Dioscuri, appartenenti al santuario dei Dioscuri.

1922: dopo la sua morte e a vent'anni dall'inaugurazione della nuova sede, si chiude il periodo più glorioso e fervido della storia del museo.

Il soprintendente Gino Fogolari nomina direttore Adolfo Callegari, allora ispettore onorario ai monumenti. Tra i suoi scavi va ricordato in particolare quello condotto nell'area della grande villa romana a nord-ovest di Este, in proprietà Albrizzi, e quello dello scolo di Lozzo per la sistemazione dei canali di bonifica. Due acquisizioni di particolare interesse segnano la direzione di Callegari.

1925: viene acquisito il noto medaglione aureo di Augusto.

1936: il museo ottiene in dono una serie di ricchi materiali ceramici del XVI e XVII secolo rinvenuti nell'abbazia camaldolese di Santa Maria di Carceri.

1936 - 1942: si svolgono lavori di manutenzione abbastanza consistenti. Viene riordinata la sezione romana e rimodernato l'atrio in cui vengono collocate due carte archeologiche di Este e dell'agro; viene aperta al pubblico la sala V del primo piano con i materiali delle stipi votive. i lavori si interrompono a causa della guerra e le misure di protezione a difesa delle opere d'arte alterano anche l'ordine dell'esposizione.

Tra i progetti di Callegari c'era quello di valorizzare la collezione di maioliche del Settecento e di unire a queste altre opere d'arte di età medievale e moderna, ma la guerra e la morte del soprintendente Fogolari nel 1941, che lo appoggiava, impedirono la realizzazione del progetto.

1947: Callegari muore improvvisamente ad Arquà Petrarca.